Основой фамилии Шалдунова послужило церковное имя Шалдун. Фамилия Шалдунова образована от прозвища Шалдун, которое восходит к украинскому глаголу «шалдувати», что в переводе на русский язык означает «хитрить». Вероятно, прозвищем Шалдун нарекали хитрого, изворотливого, искусного в чем-либо человека. Таким образом, это прозвище указывало на черты характера основателя фамилии Шалдунова. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Шалдун, со временем получил фамилию Шалдунова.