Фамилия Шалинцев — один из тех случаев, когда форма на -ев подсказывает, что перед нами не прямой отчество от имени, а более поздняя, «вторичная» фамилия. Модель простая: суффикс -ев указывает на принадлежность («чей?»), но основа — не имя и не прозвище, а другая фамилия или прозвище, уже успевшее обзавестись своим суффиксом. Шалинцев — это «сын Шалинца», то есть человека, который носил фамилию или уличное прозвище Шалинец.

Корень здесь — шаль. В русских говорах у этого слова несколько значений: «баловство, озорство», «дурь, дурь» (отсюда «шальной»), а также «пьяный угар» и даже «обман, мошенничество». Прозвище Шаля или Шаль могли дать человеку взбалмошному, несерьёзному, склонному к неожиданным поступкам. В старину это не обязательно было оскорблением — так могли назвать и удалого, лихого парня, который не сидит на месте. От этого прозвища пошли фамилии Шалин, Шалый, Шальнов. А Шалинец — это уже «выходец из семьи Шалиных» или «житель местности, где Шалиных было много».

Географически фамилия Шалинцев тяготеет к южнорусским и поволжским регионам. Она встречается в документах по Воронежской, Тамбовской, Саратовской губерниям. Там типичны были фамилии на -цев (Зиминцев, Гришинцев), которые образовывались от уже существовавших фамилий на -ин. Такая модель часто фиксировала переселенцев: Шалинцев — это человек, который ушёл из родного села Шалино (или из семьи Шалиных) и осел на новом месте.

Есть и более редкая версия: связь с диалектным словом «шалить» в значении «грешить, блудить». В этом случае прозвище Шаля могло получить внебрачный ребёнок. Однако эта гипотеза строится на косвенных данных и менее вероятна — в массе своей фамилия Шалинцев всё же восходит к озорному, но не осуждаемому характеру предка.