Фамилия Шалканова образована от мужского имени или прозвища Шалкан. Основа здесь — тюркское слово «шалкан», которое в ряде языков (татарском, башкирском, казахском) означает «репа» или «брюква». Прозвища по названиям овощей и корнеплодов в крестьянской среде были делом обычным: их давали либо по внешнему сходству (круглолицый, коренастый человек), либо по привычке или занятию (например, огородник, торгующий репой). В русской ономастике фамилии на -ов/-ев, образованные от тюркских корней, особенно часты в Поволжье, Приуралье и Сибири — регионах долгого и тесного контакта русского и тюркского населения.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: Шалканов — «сын Шалкана». При этом сама исходная форма Шалкан могла быть как прозвищем, так и неканоническим личным именем. В дохристианской и раннехристианской Руси такие имена-прозвища от названий растений фиксируются нередко: Репа, Репка, Репкин — вполне известные фамилии. Шалканов — их тюркский аналог, но с тем же смыслом.

Интересно, что фамилия Шалканова встречается в двух основных ареалах: на Северном Кавказе (особенно в осетинской и балкарской среде) и в Западной Сибири. В осетинском языке слово «шалкан» тоже означает репу, что делает версию о прозвище по овощу ещё более убедительной. В сибирском контексте фамилия могла закрепиться за переселенцами из южнорусских губерний, контактировавшими с татарами и башкирами.

Менее вероятная, но не исключённая версия связывает Шалкана с тюркским «шал» — «седой, белый» и уменьшительным суффиксом -кан. Тогда прозвище могло означать «беловатый, седоватый» и относиться к цвету волос или бороды. Однако прямое значение «репа» встречается в источниках чаще и не требует дополнительных лингвистических допущений.

Вариант Шалканова — женская форма фамилии, которая, как и все русские фамилии на -ова, указывает на принадлежность к роду носителя мужской формы Шалканов.