Фамилия Шалхакова — женская форма фамилии Шалхаков, и её разговор напрямую связан с тюркскими корнями. Основа фамилии — имя или прозвище Шалхак. Скорее всего, оно восходит к тюркскому слову «шал» — «седой», «старый», или «шал» в значении «мудрый», «почтенный». Вторая часть «-хак» может быть диалектным вариантом слова «ак» — «белый», «чистый», либо суффиксом, образующим имя. В итоге Шалхак — это «седой», «уважаемый старец» или «белый старик». Такие прозвища давали людям с рано поседевшими волосами или тем, кто пользовался авторитетом в общине.

Модель образования фамилии — типичная для многих народов Кавказа и Поволжья: к основе на согласный прибавляется русский патронимический суффикс -ов, а затем родовое окончание -а. Фамилия Шалхакова, таким образом, означает «принадлежащая роду Шалхака», «дочь или жена Шалхака». В русской ономастике суффикс -ов — один из самых распространённых, но в сочетании с тюркской основой он указывает на позднюю русификацию фамилии, вероятно, в XIX — начале XX века, когда представители тюркоязычных народов получали фамилии по отцу.

Географически фамилия Шалхакова встречается в регионах с компактным проживанием карачаевцев, балкарцев, кумыков и ногайцев. Особенно часто — в Карачаево-Черкесии и Кабардино-Балкарии. Это не случайно: у этих народов имя Шалхак (или близкие формы Шалх, Шалха) зафиксировано в родословных как личное мужское имя. В дореволюционный период фамилия могла не писаться единообразно: встречались варианты Шалхаков, Шалхоков, Шалхаков, что связано с особенностями записи тюркских звуков русскими чиновниками.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Шалханов, Шалхоев) показывает, что корень «шалх» устойчив и означает именно возрастной или социальный статус, а не ремесло или место жительства. Таким образом, предок носительницы фамилии Шалхакова был человеком, которого в округе называли «седым старцем» — либо буквально, из-за внешности, либо уважительно, за мудрость и возраст.