Фамилия Шалотоненко — редкий пример украинской фамилии, образованной от прозвища, которое, скорее всего, описывало поведение человека. В её основе лежит глагол «шалатати», который в украинских говорах означает «шататься», «слоняться без дела», «болтаться». Соответственно, Шалотоненко — потомок Шалотона, то есть человека, которого в округе прозвали шатуном, бродягой или непоседой.

Модель образования фамилии типична для украинского Поднепровья и Левобережья. Суффикс -енко в XVII–XVIII веках был главным маркером «сыновства»: Шалотоненко буквально значило «сын Шалотона». Такие фамилии массово закреплялись за казаками и крестьянами, поэтому каких-то дворянских корней у неё почти наверняка нет — это фамилия простого сословия, чаще всего запорожского или слобожанского происхождения.

Стоит обратить внимание на корень. В русском языке есть слово «шалый» (сумасбродный, взбалмошный), но украинская форма «шалотоненко» ближе к «шалататися», а не к «шалить». Встречаются также варианты написания через «а» — Шалатоненко, что подтверждает связь с «шалатати», а не с «шалеть». Если бы фамилия происходила от «шалый», мы бы видели формы вроде Шаленко или Шалый.

Географически фамилия тяготеет к Полтавской, Черниговской и Сумской областям, а также к югу России, куда переселялись украинские крестьяне в XIX веке. В дореволюционных метрических книгах её носители — преимущественно казаки и государственные крестьяне, что типично для данной модели.

Изредка можно встретить версию, что Шалотоненко — это искажённое «Шолотоненко» от слова «шолот» (шелест, шум). Но это маловероятно: в украинской ономастике нет устойчивой традиции перехода «о» в «а» в таком контексте. Прозвище Шалотон — более естественный и фонетически прозрачный источник.