Фамилия Шальшаев — редкий случай, когда основа слова не поддаётся однозначному толкованию ни из русского, ни из тюркского наречий. Скорее всего, перед нами пример фамилии, образованной от прозвища, которое возникло в среде, где смешивались славянские и финно-угорские языковые элементы. Суффикс -ев указывает на принадлежность («чей сын?» — Шальшаев), а корень «шальш-» в русских говорах не фиксируется. Если отбросить версию о случайном искажении при переписи (что маловероятно для устойчивой фамилии), остаётся два основных пути.

Первый и самый правдоподобный — субстратная основа из языков коми или удмуртов. В коми-зырянском есть слово «шальш» — «глухарь», а в некоторых диалектах так называли неуклюжего, задумчивого человека. Прозвище Шальш могли дать охотнику, который специализировался на глухариной охоте, или же просто медлительному, «тяжёлому» на подъём мужику. В пользу этой версии говорит и ареал фамилии: Шальшаевы встречаются в Пермском крае и Кировской области — как раз на стыке расселения коми и северных русских.

Вторая гипотеза ведёт к тюркским корням, но здесь всё шатко. В татарском и башкирском есть слово «шалшан» — «суетливый, торопливый», но переход в «шальш» неочевиден. Кроме того, фамилия не характерна для татарских родов, где обычно встречаются окончания на -ов или -ин, но не на -ев при таком корне. Поэтому версия с финно-угорским глухарём выглядит весомее.

Социальный контекст: суффикс -ев, а не -ин, говорит о том, что прозвище отца (Шальш) было не на -а/-я, а на твёрдый согласный. Такие фамилии в основном носили крестьяне и посадские люди, а не дворяне, у которых чаще встречались фамилии на -ский или -ов с «благородной» основой. Так что предки нынешних Шальшаевых, скорее всего, жили на севере или северо-востоке Европейской России, занимались охотой или земледелием и получили фамилию по отцовскому прозвищу, которое уже к XVIII веку забылось, оставив лишь звуковой след.