Фамилия Шалупаева — женская форма мужской фамилии Шалупаев, которая образовалась от прозвища Шалупай. В основе прозвища лежит корень «шалуп-», который в южнорусских и белорусских говорах имел значение «шелуха, кожура, скорлупа» (сравните: «шалупіна» — шелуха, «шалупай» — очищенное от кожуры яблоко или вообще нечто пустое, никчемное). Таким образом, прозвище Шалупай мог получить человек худощавый, «облезлый» или, в переносном смысле, несерьёзный, пустой.

Модель образования фамилии — типичная для восточнославянской ономастики: к основе на -ай присоединился патронимический суффикс -ев (Шалупай → Шалупаев). Суффикс -ев, а не -ов, указывает на то, что основа оканчивалась на мягкий или шипящий звук. В данном случае конечный -й дал именно -ев.

Географически фамилия тяготеет к западнорусским и белорусским землям, откуда, вероятно, и происходит. Встречается она нечасто, что говорит о локальном характере прозвища. Сравните с однокоренными фамилиями: Шелупаев (от «шелупай» — то же самое, что «шалупай», только с «е» вместо «а»), Шелухин, Шелудяков — все они восходят к понятиям «шелуха, кожура». Это указывает на то, что прозвища давали по внешним признакам или по отношению к чему-то незначительному.

Сословная принадлежность носителей фамилии не зафиксирована в дворянских родословных книгах, что позволяет предполагать крестьянское или мещанское происхождение. Фамилия не имеет отношения к слову «шалун» — это народная этимология, не подтверждённая диалектными данными.