Фамилия Шалупкина принадлежит к распространённому типу русских фамилий, образованных от прозвищ, и её разговорный характер сразу бросается в глаза. Основа здесь — слово «шалупка». В русских говорах, особенно южных и западных, так называли кожуру, шелуху, скорлупу или содранную кору. Человек мог получить прозвище Шалупка за худобу, «шелудивость» (шелушащуюся кожу) или за склонность к пустым, поверхностным разговорам — «шелушить языком». Встречается и другая версия: в некоторых диалектах «шалупка» — это уменьшительное от «шалун», то есть проказник, баловник. Но первое значение, связанное с чем-то тонким, снимаемым сверху, выглядит более древним и конкретным.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Шалупкин — это сын Шалупки, то есть потомок человека с таким прозвищем. Фамилия образована по простой патронимической модели, характерной для крестьянской и мещанской среды. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые часто давали по имени отца, -ин мог закрепляться за прозвищем, оканчивающимся на -а или -я. Женская форма Шалупкина — это естественное грамматическое изменение для обозначения жены или дочери Шалупкина.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским областям, где слово «шалупка» в значении «шелуха» бытовало активно. Встречается в Курской, Воронежской, Ростовской областях, а также на Кубани. В центральных и северных регионах России она редка, что подтверждает её диалектное происхождение. Это не дворянская фамилия — её носители, скорее всего, были крестьянами или ремесленниками, получившими прозвище по внешнему виду или поведению.

С точки зрения словообразования, фамилия Шалупкина стоит в одном ряду с такими же «шелушащимися» фамилиями, как Шелухин, Шелудяков, Лузгин. Но если Шелухин чаще связывают с переносным значением «пустомеля», то Шалупкин более материален: прозвище могли дать кожевнику, работавшему со сдираемой корой, или просто очень худому человеку. В любом случае, фамилия звучит колоритно и не даёт усомниться в том, что её корни — в живой народной речи, а не в книжных списках.