Фамилия Шалупкин — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано не с характером человека, а с его занятием или внешностью. Вопреки первому впечатлению, корень здесь не от глагола «шалить» (проказничать), а от диалектного слова «шалупа» или «шелупа».

В южнорусских и украинских говорах «шалупой» (или «шелупой») называли скорлупу, шелуху, лузгу, а также — переносно — нечто пустое, лёгкое, малозначительное. Отсюда «шалупка» — это не только кожура, но и маленькая, ветхая постройка, хибарка. Соответственно, прозвище Шалупка могли дать либо бедняку, живущему в лачуге, либо человеку, который занимался очисткой зерна, лущил семечки или орехи (например, на маслобойне). Не исключён и ироничный вариант: так могли обозвать тщедушного, «щепетильного» мужчину, у которого «одна шелуха осталась».

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе «Шалупк-» (от имени или прозвища Шалупка) добавился патронимический суффикс -ин. В древнерусской традиции суффикс -ин указывал на принадлежность «сыну такого-то»: Шалупкин буквально значит «сын Шалупки». Окончание -ин, а не -ов, характерно для основ, оканчивающихся на -а или -я.

Географически фамилия тяготеет к югу России и востоку Украины. Её можно встретить в Курской, Белгородской, Воронежской областях, а также среди потомков переселенцев на Кубани. Среди однокоренных «родственников» — фамилии Шалупов (того же корня, но с суффиксом -ов), Шелупкин (фонетический вариант с «е»), а также более редкая Шалупа.

Сословной привязки нет: Шалупкины могли быть и крестьянами, и мещанами. В документах XVIII–XIX веков фамилия встречается спорадически, что говорит о её локальном бытовании в рамках одного-двух уездов. Поскольку прозвище не было связано с высоким статусом или воинской доблестью, в дворянские родословные книги оно не попало.

Если коротко: Шалупкин — это не «шалун», а скорее «лущильщик» или «житель хибарки». Суффикс -ин указывает на прямую наследственность от отца по прозвищу, а корень выдаёт южнорусские или украинские корни рода.