Фамилия Шалупин образована по одной из самых распространенных в русском языке моделей: от прозвища или имени, оканчивающегося на -а, с помощью притяжательного суффикса -ин. Она означает «сын Шалупы» или «потомок Шалупы». Основа здесь — слово «шалупа», которое в диалектах русского языка имело вполне конкретное значение.

В отличие от распространенного заблуждения, корень здесь не связан напрямую с глаголом «шалить» (проказничать). «Шалупа» — это старинное диалектное название ветхой, плохой избы или шалаша, лачуги. В словарях Даля и других диалектных источниках это слово фиксируется в южных и западных говорах (например, в курских, орловских, смоленских). Таким образом, прозвище Шалупа могли дать не озорнику, а человеку, который жил в бедной, неказистой избе, либо, по ироничной народной традиции, тому, кто построил себе плохое жилье. Вторая версия, менее вероятная, — от «шалупа» как названия какого-либо нехитрого предмета или орудия, но она не имеет надежного подтверждения.

Географически фамилия Шалупин тяготеет к регионам, где было распространено слово «шалупа», — это южнорусские области, а также, возможно, территории современной Беларуси и Украины, где «шалупа» означает то же самое (халупа, хатка). Суффикс -ин указывает на то, что фамилия формировалась в среде, где было принято называть человека по отцу или главе семьи, что типично для крестьянской и мещанской среды до XIX века.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Шалупов, Шалупкин, Шалупенко) подтверждает, что основа одна, а разные суффиксы просто отражают местные словообразовательные традиции: в северных и центральных регионах чаще использовали -ов, в южных и западных — -ин и -енко. Фамилия Шалупин — нередкая, но и не массовая, что типично для прозвищ, привязанных к бытовой реалии, а не к широко распространенному личному имени.

Таким образом, предок современного Шалупина, скорее всего, был крестьянином или бедным ремесленником, который жил в «шалупе» — небогатом жилье, и это прозвище закрепилось за его родом. Никакого отношения к дворянству или известным историческим личностям фамилия не имеет, что совершенно нормально для подавляющего большинства русских фамилий, берущих начало из народного быта.