Фамилия Шалупинин — редкий случай, когда прозвище сохранилось почти без изменений, но с неочевидным суффиксом. Основа здесь — «шалупа» или «шалупин», а финальное -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «Шалупинин», то есть сын или потомок Шалупина.

Самое интересное — в корне. «Шалупа» в русских говорах (особенно южных и западных) означало не просто шалуна, а человека несерьёзного, ветреного, иногда — бедняка или оборванца. В словаре Даля «шалупа» — «шалопай, повеса», а в смоленских и брянских говорах — ещё и «неопрятный, плохо одетый человек». Прозвище давали не обязательно за озорство: скорее за неосновательность, лёгкое отношение к жизни или внешний вид.

Модель образования нетипична. Обычно от прозвища на -а (-я) образуют фамилию с суффиксом -ин: Шалупа → Шалупин. Здесь же мы видим двойной суффикс: -ин + -ин. Это могло возникнуть двумя путями. Первый: фамилия Шалупин уже существовала, а её носителя в каком-то поколении прозвали «Шалупинин сын» — и прозвище закрепилось как фамилия. Второй: исходное прозвище было Шалупиня (с мягким окончанием), от него и пошло Шалупинин. Оба варианта встречаются в северных и центральных губерниях, где подобные «двойные» суффиксы фиксировались в переписных книгах XVII—XVIII веков.

Географически фамилия тяготеет к западу и северо-западу России. В дореволюционных метрических книгах Шалупинины чаще всего встречаются в Псковской, Новгородской и Тверской губерниях. Там же бытовало слово «шалупа» в значении «шалопай» или «непутевый человек». Возможно, предок был не крестьянином-землепашцем, а вольным или дворовым человеком, получившим прозвище от соседей.

В сословном отношении фамилия почти наверняка крестьянская или мещанская. Дворянских родов Шалупининых в родословных книгах нет, а в купеческих гильдиях она не засветилась. Известных носителей — учёных, писателей, героев — история не сохранила, что для такой редкой фамилии нормально.

Сравните с однокоренными: Шалупин, Шалупов, Шалупа. Шалупинин — самая редкая и самая «длинная» версия. Если у вас эта фамилия, скорее всего, ваши предки жили в западнорусских или новгородских землях, а прозвище им дали за характер, а не за ремесло.