Фамилия Шалушкин — крепкий образец русского «прозвищного» типа, и её разбор стоит начать с неожиданной детали: в ней нет ничего общего со словом «шалун». Вопреки поверхностному впечатлению, основа здесь не глагол «шалить», а совсем другая лексическая ветвь.

Корень «Шалушк-» восходит к древнерусскому прозвищу Шалушка. В народных говорах «шалушка» — это не озорник, а скорее тихоня, нелюдим или человек со странностями. В словаре Владимира Даля зафиксировано: «шалуша» — нелюдим, дикарь, а «шалушить» — чураться людей, дичиться. Так что предок носителя фамилии с большой вероятностью был человеком замкнутым, необщительным, возможно, жившим отшельником. Прозвище давали не за проказы, а за характер.

Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: «чей?» — Шалушкин, то есть сын или потомок Шалушки. Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ на -а, -я (ср. Пушкин, Репнин). Форма «Шалушка» — уменьшительно-ласкательная от «шалуша», что характерно для бытовой речи: так могли называть нелюдимого парня или подростка в семье.

В ономастических работах (например, у Б. Унбегауна) подобные фамилии относят к числу тех, что возникли в крестьянской и посадской среде не позднее XVII века. Географически Шалушкины встречаются преимущественно в северных и центральных губерниях России — в Вологодской, Костромской, Ярославской областях. Это подтверждает и связь с северными говорами, где слово «шалуша» бытовало активно.

Редкость фамилии объясняется тем, что прозвище Шалушка не было распространённым: называть человека «дикарём» могли только в конкретной местной традиции. Сейчас Шалушкины — немногочисленная, но устойчивая фамилия, сохранившая в своей основе точную характеристику предка, который, скорее всего, предпочитал лесную глушь людской толчее.