Фамилия Шелушкин — одна из тех, что образована напрямую от прозвища, причём прозвище это звучит не слишком лестно. В её основе лежит слово «шелушка». В разных говорах так могли называть и мелкую рыбью чешую, и луковую шелуху, и вообще всякую ненужную мелочь, снятую с поверхности. Но применительно к человеку прозвище Шелушка, скорее всего, давали не за внешний вид, а за характер или поведение. В народной речи «шелухой» или «шелушкой» называли пустого, никчёмного человека, болтуна или того, кто много суетится без толку. Человек мог получить такое прозвище в насмешку, за легкомыслие или за то, что от него, как от шелухи, было мало проку.

Фамилия образована по стандартной модели: к основе «Шелушк-» добавился суффикс принадлежности «-ин». Такие фамилии на «-ин» типичны для северных и центральных областей России. Они отвечали на вопрос «чей?» и означали «сын Шелушки» или «человек из семьи Шелушки». То есть Шелушкин — это потомок того самого Шелушки.

В ономастических справочниках эта фамилия не относится к числу широко распространённых, но и не является уникальной. Встречается она преимущественно в Поволжье и на юге России, хотя отдельные гнезда носителей есть и в Сибири. Интересно, что существует однокоренная фамилия Шелухин, которая образована от той же основы, но с другим суффиксом, что говорит о разных вариантах одного прозвища в разных местностях.

Сословной принадлежности у фамилии нет: Шелушкины могли быть и крестьянами, и мещанами, и казаками. Прозвище не указывает на ремесло или занятие, а описывает человеческое качество — пусть и не самое почётное. В старину такие «обидные» прозвища давали не со зла, а как оберег или просто для красного словца, и они легко закреплялись в качестве фамилии.