Фамилия Шелушенко — один из ярких примеров восточноукраинской модели фамилий на -енко. Суффикс -енко, характерный для Поднепровья и Левобережной Украины, в XVII—XVIII веках означал «сын» или «потомок», то есть Шелушенко — это буквально «сын Шелухи» или «потомок Шелушенка». Такая модель была настолько продуктивной, что закрепилась как основная фамильная форма для миллионов людей, и Шелушенко в этом ряду — не редкость, а типичный представитель своего региона.

Основа фамилии — прозвище Шелуха. В русских и украинских говорах «шелуха» имеет два основных значения. Первое — очистки, кожура, то, что снимают с овощей и фруктов. В переносном смысле так могли назвать невзрачного, худого или «облезлого» человека — ср. с диалектным «шелудивый» (паршивый, больной кожей). Второе значение — растение семейства зонтичных, известное как болиголов или дягиль, которое в народе называли «шелуха» из-за полых стеблей и шелушащейся коры. Прозвище могло достаться травнику, знахарю или человеку, жившему в местах, где в изобилии росла эта трава.

Существует и менее очевидная, но правдоподобная версия, связанная с глаголом «шелушить» — то есть лущить, очищать от скорлупы. В южных регионах «шелушить» означало также «толочь, дробить зерно». Соответственно, Шелухой могли прозвать мельника, крупорушника или работника, занятого обмолотом и очисткой зерна. Эта версия подтверждается тем, что в писцовых книгах XVII века встречаются прозвища Шелуха и Шелухин, зафиксированные именно в крестьянской и посадской среде.

Географически фамилия Шелушенко наиболее плотно распространена в центральных и восточных областях Украины — Черкасской, Полтавской, Днепропетровской, а также в прилегающих районах России, особенно в Ростовской области и Краснодарском крае, куда переселялись украинские крестьяне в XIX веке. Встречается и вариант Шелушенко с ударением на второй слог, что для русского уха звучит непривычно, но для украинской фонетики — норма.

С точки зрения социальной истории, фамилия не указывает на дворянское происхождение. Её носители в массе своей — потомки казаков, крестьян и мещан. В ревизских сказках XVIII—XIX веков Шелушенко фигурируют как «малороссияне» или «казённые поселяне», то есть государственные крестьяне, а не крепостные помещиков. Это значит, что предки современного носителя фамилии с высокой вероятностью были свободными людьми, владевшими землёй и платившими подати напрямую государству.