Фамилия Шелушенков — редкий пример отчества, образованного не напрямую от крестильного имени, а от прозвища или уменьшительной формы другого имени. В её основе лежит слово «шелуха», но не в прямом значении «кожура, отходы», а в переносном, характерном для русских говоров.

Словообразовательная цепочка здесь нестандартная. Суффикс -енков указывает на происхождение от имени или прозвища, оканчивающегося на -еня: Шелушеня. Такая модель (основа + -еня) в старину давала ласкательные или уничижительные формы: «Шелушеня» — буквально «шелуха», но в диалектах слово «шелуха» имело ещё одно значение: «пустой, никчёмный человек», «бездельник». Судя по суффиксу -енков (южнорусский или западнорусский вариант вместо более распространённого -ев/-ов), фамилия закрепилась в регионах, где было принято говорить «чей ты будешь?» — «Шелушенков», то есть «сын Шелушени».

Есть и вторая, менее очевидная версия. В некоторых говорах «шелушить» означало «чесать, скрести, лущить». Прозвище Шелушеня мог получить человек, занимавшийся лущением зерна, шелухой круп — то есть работник на мельнице или крупорушке. Но эта версия слабее: прозвища по ремеслу редко образовывались с суффиксом -еня, чаще — по действию (Шелуха, Шелушок).

Географически фамилия Шелушенков тяготеет к югу России — к Курской, Белгородской, Воронежской областям, а также к Украине, где суффикс -енко (а в русской адаптации -енков) встречается особенно часто. В документах XVIII–XIX веков носители фамилии встречаются среди однодворцев — потомков служилых людей, охранявших южные границы.

Таким образом, предок Шелушенковых скорее всего носил прозвище Шелушеня — либо за несерьёзный, «пустой» нрав, либо, что реже, за занятие, связанное с очисткой зерна. Фамилия сохранила диалектный колорит и чёткую региональную привязку к южнорусским землям.