Фамилия Шелушинин — редкий случай, когда в основе лежит не ремесло и не имя, а внешность или привычка. Её ядро — слово «шелуха»: то, что счищают с овощей, плодов, или переносно — нечто мелкое, пустое. Но прямой путь от «шелухи» к фамилии неочевиден, поэтому стоит разобраться с суффиксами.

Модель образования здесь нестандартная. Если бы фамилия была от профессии чистильщика, мы бы увидели суффикс -щик (Шелушников). Вместо этого перед нами -ин, который крепится к основе, оканчивающейся на -ин. Скорее всего, исходное прозвище — Шелуша или Шелушина (в значении «мелкий, худой, невзрачный человек» или «тот, кто постоянно лузгает семечки, шелушит что-то»). От него через притяжательный суффикс -ин и появился Шелушинин — буквально «сын Шелуши». Двойной суффикс (-ин-ин) — архаичная черта, характерная для северных и сибирских говоров, где патронимы могли наслаиваться.

Вторая версия, менее вероятная, но не исключённая: связь с диалектным глаголом «шелушить» — говорить вздор, болтать попусту. В этом случае прозвище Шелуша получал говорун или пустомеля. Однако в ономастике первично всегда конкретное значение, а «шелуха» как признак худобы или шелушения (кожного, бытового) встречается в прозвищах чаще, чем абстрактная болтовня.

Социальный статус носителей, скорее всего, был крестьянским или посадским. Фамилии с двойным суффиксом -инин редко встречаются у дворянства, которое оформляло родовые имена через -ов/-ев или -ский. Шелушинин — фамилия локальная, её география, по данным современных списков, тяготеет к Вятке и Пермскому краю, что косвенно подтверждает севернорусское происхождение модели.

Однокоренные фамилии (Шелухин, Шелушков, Шелудяков) образованы от тех же корней, но через разные суффиксы. Шелушинин выделяется именно своей громоздкой, «двойной» фамильной формой, которая в XIX веке уже воспринималась как редкая и несколько старомодная.