Фамилия Шелушкина — женская форма фамилии Шелушкин, и её происхождение не так очевидно, как может показаться. В основе лежит прозвище Шелушка, которое, скорее всего, не связано напрямую с «шелухой» как отходами. В русских говорах «шелушкой» называли не только мелкую рыбью чешую, но и человека с облупившейся кожей или, что более вероятно, того, кто занимался очисткой зерна, лущил его. Такая работа была распространена в крестьянском хозяйстве, и прозвище легко могло закрепиться за мельником или работником на току.

Модель образования фамилии проста: основа Шелушк- плюс типичный русский суффикс принадлежности -ин, указывающий на «сына или внука Шелушки». Форма Шелушкин (а не Шелушков) говорит о том, что исходное прозвище оканчивалось на -а или -я, что характерно для северных и центральных областей России. Географически фамилия встречается в основном в Поволжье и на Урале, где были развиты зерновое хозяйство и мукомольное дело.

Есть и другая, менее распространённая версия: Шелушкой могли прозвать человека с шепелявой речью (от глагола «шелушить» в значении «говорить невнятно»). Однако она слабее, так как для обозначения речевого дефекта в русском языке чаще использовались основы «шепеляв-» или «заик-». Первая версия — ремесленная — выглядит убедительнее, особенно если учесть, что в документах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне Шелушкины, записанные как «оброчные мельники».

В написании фамилии путаницы почти не возникает: ударение падает на второй слог (ШелУшкина), и безударная «е» проверяется словом «шелуха». По сословному составу Шелушкины относились к крестьянам и мещанам, дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.