Фамилия Шелушков образована от прозвища Шелушок. В его основе лежит глагол «шелушить» — очищать от шелухи, лущить. Первым носителем прозвища мог быть крестьянин, занятый обмолотом зерна, или, например, торговец семечками и орехами. Менее вероятная, но возможная версия — прозвище дали худому, щуплому человеку, которого сравнивали с пустой шелухой.

Словообразовательная модель здесь типична для русских фамилий: к основе прозвища Шелушок (с суффиксом -ок, указывающим на уменьшительность или принадлежность к чему-либо) добавили патронимический суффикс -ов. Таким образом, Шелушков буквально означает «сын Шелушка» или «потомок Шелушка».

Фамилия встречается в основном в центральных и южных регионах России, особенно в бывших южнорусских губерниях, где были сильны традиции земледелия. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные образования от названий процессов и орудий труда рассматриваются как характерные для крестьянской среды.

Интересно сравнить Шелушкова с однокоренными фамилиями: Шелухин, Шелудяков, Шелунов. Если Шелухин мог произойти от прозвища Шелуха (женщина или мужчина с таким же прозвищем), то Шелушков указывает именно на мужского предка по прозвищу Шелушок. Форма с суффиксом -ок и последующим -ов встречается реже, чем с суффиксом -ин, что делает фамилию немного более редкой и локальной.