Фамилия Шелушкова — женская форма мужской фамилии Шелушков. Её основа — прозвище Шелушок. Чаще всего так в старину называли человека с шелушащейся кожей, возможно, из-за болезни или особенностей эпидермиса. В говорах слово «шелуха» и однокоренные «шелушить», «шелушок» имели и переносный смысл — так могли сказать о худом, тщедушном или неопрятном человеке, от которого «отлетает шелуха».

Суффикс -ов в фамилии Шелушков указывает на типичную восточнославянскую модель образования от прозвищ на согласный: Шелушок → Шелушков. Буква «о» в суффиксе перешла в беглую («Шелушка»), что для русского уха звучит естественно. Менее вероятна, но возможна связь с диалектным словом «шелушок» — так в некоторых регионах называли мелкую рыбью чешую или стружку. В этом случае прозвище мог получить рыбак или плотник, имевший дело с отходами ремесла.

Фамилия редкая, географически привязана к центральным и северным областям России. Встречается в архивах Вологодской и Костромской губерний, где фиксировались крестьяне и посадские люди с таким прозвищем. В дворянских родословных книгах фамилия не значится — носители Шелушковых, судя по всему, были из податных сословий.

В написании возможна путаница с фамилией Шелушков (через «а»), но в корне последовательно пишется «е»: от «шелуха». Ударение в фамилии обычно падает на второй слог — Шел`ушков, хотя в некоторых говорах могли ставить на первый.