Фамилия Шелушина — женская форма фамилии Шелушин, и её происхождение неочевидно. В отличие от распространённых фамилий на -ов/-ев, здесь мы видим суффикс -ин, что указывает на образование от прозвища или имени, оканчивающегося на -а/-я. Основа — «Шелуш-» — отсылает к глаголу «шелушить» (очищать от шелухи) или к существительному «шелуха». Проще всего предположить, что прозвище Шелуша дали человеку, который занимался шелушением зерна, лука или орехов — то есть мог быть работником на мельнице, на кухне или в огороде. Но есть и другая, более редкая версия: в некоторых говорах «шелушить» означало «болтать, пустословить», и прозвище могло закрепиться за говорливым человеком. Третья, менее вероятная гипотеза связывает фамилию с диалектным словом «шелушня» — так в рязанских и тамбовских говорах называли сварливую, вздорную женщину. Однако прозвище Шелуша, скорее всего, относилось к мужчине, и тогда связь с «шелушней» маловероятна.

Географически фамилия Шелушины встречается преимущественно в центральных и южных регионах России — в бывших Воронежской, Курской, Тамбовской губерниях. Это зона, где было развито земледелие и переработка зерна, что косвенно подтверждает «ремесленную» версию. Суффикс -ин, а не -ов, тоже характерен для южнорусских и западнорусских областей. В отличие от фамилий Шелухин или Шелудько, которые образованы от той же основы с другими суффиксами, Шелушина сохраняет более прямую связь с глаголом — без дополнительных уменьшительных форм. Таким образом, предок носительницы этой фамилии, скорее всего, был простым крестьянином или ремесленником, чьё занятие или характер дали ему прозвище, ставшее фамилией.