Фамилия Шалишкин образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей: с помощью суффикса -ин, который указывает на принадлежность к отцу или главе семьи. В данном случае это значит: «чей?» — Шалишкин, то есть сын или потомок человека по прозвищу или имени Шалишка. Основа фамилии — слово «шалишка» или «шалишко», которое, скорее всего, является уменьшительно-пренебрежительной формой от «шалить» или от имени Шалий.

В основе лежит глагол «шалить» — озорничать, проказничать, вести себя несерьёзно. Прозвище Шалишка могли дать непоседливому, бойкому или даже слегка хулиганистому ребенку или взрослому, который не отличался степенностью. В говорах слово «шала» или «шалига» могло означать не только озорника, но и человека, склонного к дурачеству, шутовству. Учитывая суффикс -к-, который придаёт слову оттенок уменьшительности или фамильярности, прозвище звучало скорее ласково-укоризненно, чем резко отрицательно.

Менее вероятная, но допустимая гипотеза — связь с каноническим именем Шалий. Это краткая или народная форма от крестильного имени, например, от Саламана (библейское имя, означающее «мирный») или от Шалом (еврейское «мир»). В таком случае Шалишка — это производное от имени, а фамилия Шалишкин — потомок по отцу, которого звали Шалий или Шалишка. Однако в русской ономастике прозвищные фамилии от глаголов встречаются гораздо чаще, чем от редких крестильных форм, поэтому версия с «шалить» выглядит убедительнее.

Географически фамилия Шалишкин редкая. В дореволюционных переписях и современных справочниках она встречается точечно, преимущественно в центральных и северо-западных губерниях России. Нет данных о массовом бытовании в казачьих или сибирских областях. Это говорит о том, что фамилия могла возникнуть в небольшой локальной группе, возможно, в среде однодворцев или крестьян, где прозвища передавались по наследству, не выходя за пределы одной деревни.

Словообразовательная модель фамилии — чисто русская, без иноязычных суффиксов. Окончание -ин, а не -ов, указывает на то, что основа заканчивалась на -а или -я (Шалишка). Встречаются однокоренные фамилии: Шалимов, Шалин, Шаликов. Все они восходят к той же основе «шаль» или «шалить», но Шалишкин — самая редкая и конкретно-пренебрежительная форма, что делает её особенно интересной для тех, кто ищет не просто фамилию, а её характерный оттенок.