Фамилия Шалышкин образована от личного прозвища и относится к распространенному типу русских фамилий. Прозвище Шалышка представляет собой фонетический вариант именования Шалыжка, которая в свою очередь является уменьшительной формой старинного слова «шалыга». В различных диалектах слово «шалыга» имеет разные значения: «плешь, темя, макушка», «кочка», «посох с загнутым верхним концом», «большой мяч», «плеть, кнут, погонялка», а также «повеса, баловник, проказник», «праздношатающийся человек» и «пустослов». Таким образом, прозвище Шалыжка мог получить человек высокий, плешивый, живущий на холме, опирающийся при ходьбе на посох, полнотелый (то есть круглый, как мяч), шаловливый, болтливый, склонный к безделью или не гнушающийся наказывать плёткой. В некоторых регионах России употребляется и слово «шалышка». Шалышкой называется наплыв на березе, идущий на художественные поделки. Таким образом, Шалышкой могли прозвать и того, кто занимался изготовлением декоративных предметов из шалышек. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Шалыжка или Шалышка, со временем получил фамилию Шалышкин. О точном месте и времени возникновения фамилии Шалышкин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Шалышкин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.