Фамилия Шалышко — редкий пример восточнославянской фамилии, образованной по польско-белорусской модели. Её основа — прозвище Шалыш, а суффикс -ко типичен для фамилий на землях бывшего Великого княжества Литовского: современной Беларуси, Украины и восточных регионов Польши. Этот суффикс выполнял роль уменьшительности или указывал на принадлежность: Шалышко — «маленький Шалыш» или «сын (потомок) Шалыша».

Корень «шал-» неоднозначен. Самое прямое объяснение — связь с глаголом «шалить»: прозвище Шалыш могли дать человеку озорному, непоседливому, склонному к проказам. В диалектах русского языка слово «шаль» также означало «дурь, дурь на ум», а «шалый» — взбалмошный, бестолковый. В польском языке есть слово «szał» (бешенство, ярость), что усиливает версию о прозвище по характеру. Вторая, менее вероятная гипотеза — от тюркского «шал» (старик, седой) через ногайские или татарские влияния, но для фамилии с суффиксом -ыш это звучит натянуто: в тюркских языках такие модели редки.

Фамилия Шалышко не входит в списки дворянских родов Российской империи и не фиксируется в массовых переписях крестьян центральных губерний. Это указывает на её локальное бытование: скорее всего, предки носителя жили в западной части современной Беларуси (Гродненская, Брестская области) или на украинском Полесье. Суффикс -ко в этих краях часто получали мужчины, чьи отцы носили прозвище без суффикса: Шалыш → Шалышко. Сравните с однокоренными фамилиями Шалыгин, Шалимов, Шалый — у них русские суффиксы -ин, -ов, а Шалышко сохраняет западнорусскую огласовку.

Встречаемость фамилии крайне низкая. В современных базах данных она единична, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска: если вы Шалышко, ваши корни почти наверняка уходят в одно-два села на западе Беларуси, где прозвище закрепилось за конкретным родом.