Фамилия Шарушкин образована от прозвища Шарушка. В её основе лежит глагол «шарить» в значении «рыться, искать, воровато обыскивать» или существительное «шар» (круглый предмет). Однако наиболее вероятная версия связана с диалектным словом «шарушка» — так в некоторых русских говорах называли мелкую, шуструю рыбёшку или, в переносном смысле, юркого, подвижного человека небольшого роста. Прозвище могли дать неугомонному ребёнку или взрослому, который всё время «шнырял», не сидел на месте.

Суффикс -к- в основе (Шарушк-а) уменьшительно-пренебрежительный, что типично для прозвищ, описывающих внешность или характер. Фамилия закрепилась с патронимическим суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Шарушкин, то есть сын или потомок Шарушки. Такая модель характерна для центральных и северных областей России.

Стоит отметить, что фамилия Шарушкин не встречается среди дворянских родов и, скорее всего, относится к крестьянской или мещанской среде. В дореволюционных переписях она фиксировалась в основном в Поволжье и на Вятке. Сравните с однокоренными фамилиями Шаров (от «шар» — полный, круглый человек) и Шариков (от «шарик» — уменьшительное, часто с ироничным оттенком). Шарушкин стоит в этом ряду особняком: если Шаров — про форму, то Шарушкин — про движение и характер.

Версия, что фамилия произошла от тюркского имени Шаруш (с возможным значением «смелый»), менее правдоподобна: для русских фамилий на -ин такое заимствование без промежуточного прозвища редкость, и слово «шарушка» в русских диалектах хорошо документировано. Таким образом, предок носителя фамилии Шарушкин был, скорее всего, юрким и деятельным человеком, которого в деревне запомнили по этой живой черте.