Фамилия Шалянин образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей: от основы с суффиксом -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность, то есть Шалянин — это буквально «сын Шаляны» или «человек из рода Шаляны». Основа здесь — Шалян-, которая в свою очередь восходит к прозвищу, имени или диалектному слову.

Самая вероятная версия связывает фамилию с диалектным глаголом «шалять» — то есть «проказничать, баловаться, шалить». В этом случае прозвище Шаляна могли дать человеку озорному, непоседливому или склонному к шалостям. Подобные прозвища на Руси были обычным делом: они закреплялись за характером или поведением, а позже переходили в фамилии. В пользу этой версии говорит и наличие однокоренных фамилий — Шаляпин, Шаляев, Шалунов, — хотя все они образованы от разных форм одного корня.

Менее распространённая, но возможная гипотеза — происхождение от личного имени Шалян, которое могло быть производной формой от крестильного имени, например от Шала (сокращение от Саламан, Саламон) или от тюркских имён с корнем «шал» (седой, старый). В таком случае Шалянин — потомок человека по имени Шалян. Однако для фамилии Шалянин эта версия уступает «проказливой» по частотности и логике словообразования: суффикс -ин чаще крепится к прозвищам, чем к полным именам.

Географически фамилия Шалянин встречается в основном в центральных и поволжских регионах России, что типично для фамилий с суффиксом -ин, возникших в среде крестьян и посадских людей. Сословно предки Шаляниных, скорее всего, были крестьянами или мещанами — дворянских родов с такой фамилией в исторических документах не зафиксировано. В целом, фамилия редкая, и её носители, вероятно, происходят из одного или нескольких локальных родов, разошедшихся по стране в XIX–XX веках.