Фамилия Шальян — редкий случай, когда суффикс сразу выдаёт нерусское происхождение, а основа ставит вопросы. Окончание -ян характерно для армянских фамилий, образованных по модели принадлежности: прибавлением -ян (реже -янц) к основе. В русской среде такие фамилии обычно не склоняются, если только носитель не русифицировал окончание до -ов или -ев, но Шальян в этом смысле устойчива.

Основа шаль — неоднозначна. Самый прямой путь: от армянского слова «шал» (шахматный, клетчатый) или от «шал» в значении «подарок», «дар». В армянской ономастике фамилии на -ян часто восходят к личным прозвищам или профессиям, но Шальян не фиксируется в списках типичных ремесленных фамилий. Возможна и другая версия: основа связана с тюркским «шал» — старик, седой, уважаемый человек. Для Армении, веками находившейся в тесном контакте с тюркскими народами, заимствования в именах и прозвищах — обычное дело. Тогда Шальян — «потомок старца» или «сын седого», что близко к русским фамилиям вроде Седов или Стариков.

Нельзя исключать и связь с азербайджанским топонимом Шальян (село в Губинском районе) — фамилия могла возникнуть как указание на выходца из этого места. В армянской традиции фамилии от названий сёл или городов давали реже, чем в русской, но такие случаи есть.

География фамилии сегодня — в основном Армения, Россия (особенно Краснодарский край, Ростовская область, Москва) и диаспора. В дореволюционных записях Шальян встречается редко: армянские фамилии массово фиксировали только после вхождения Восточной Армении в состав Российской империи в 1828 году, а до этого многие носители жили без фамилий или с патронимами. Словообразовательная модель проста, но корень допускает три равноправные версии, и без дополнительных исторических документов (например, записи о прозвище конкретного предка) выбрать одну трудно.