Фамилия Шалымагина — женская форма, а мужская, Шалымагин, образована по стандартной русской модели с суффиксом -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Шалымагин буквально означает «сын Шалымаги» или «человек из семьи Шалымаги». Сама основа фамилии — прозвище или нецерковное имя Шалымага.

Здесь мы сталкиваемся с редким и неочевидным корнем. В русских говорах слово «шалымага» (или «шалыма») имеет несколько значений, и все они связаны с бытом и характером. В диалектах (особенно северных и сибирских) «шалымага» — это нечто неказистое, неуклюжее: так могли назвать плохо сделанную вещь, несуразную постройку или даже неловкого, нескладного человека. В некоторых областях слово фиксировалось в значении «оборванец» или «неряха».

Есть и другая, более конкретная версия. В архангельских и вологодских говорах «шалыма» — это разновидность сети для ловли рыбы (небольшой невод). Соответственно, прозвище Шалымага мог получить рыбак, который пользовался такой снастью, или человек, напоминавший формой или поведением эту самую сеть — например, худой и жилистый.

Суффикс -ага в основе (Шалым-аг-а) характерен для прозвищ, образованных от глаголов или существительных с экспрессивным оттенком. Такие прозвища часто давали за внешность или манеру поведения: Вертяга, Бродяга, Растяга. Шалымага — из того же ряда, с оттенком пренебрежения или насмешки.

Географически фамилия Шалымагин тяготеет к северо-востоку России. Встречается в Кировской области, Пермском крае, а также в Сибири — в местах, куда переселялись выходцы с Русского Севера. Это подтверждает диалектную природу основы.

Сословно фамилия, скорее всего, крестьянская или мещанская. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. Прозвище давали в среде, где ценилась практическая сметка, а неказистость или неловкость становились поводом для меткого слова.