Фамилия Шалымагин — редкий пример, где суффикс -ин указывает на принадлежность к прозвищу, а сама основа почти наверняка связана с диалектным глаголом «шалымать». В говорах Русского Севера, Сибири и Урала это слово означало «мошенничать, плутовать, обманывать» или, в более безобидном варианте, «шалить, дурить». Соответственно, Шалымага — это прозвище плута, пройдохи или озорника. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще образовывались от полных крестильных имён, -ин здесь чётко маркирует прозвищное происхождение: Шалымагин буквально — «сын (или потомок) Шалымаги».

Словообразовательная модель проста: основа «шалымаг-» (от «шалымать») плюс суффикс притяжательности -ин. Интересно, что в старых документах встречаются и другие формы этой же основы: Шалымов, Шалыгин, а также более редкая Шалымагов (с суффиксом -ов). Все они восходят к одному корню, но Шалымагин — самая точная калька с прозвища, так как в нём сохранился полный суффикс -аг- (-яг-), который в русских говорах часто придавал слову оттенок пренебрежения или шутливости (сравните: «работяга», «бедняга», «гуляка»).

Географически фамилия тяготеет к северо-востоку европейской части России и Зауралью. В переписных книгах XVII–XVIII веков можно найти крестьян с прозвищем Шалымага в Вятской и Пермской губерниях. Сословно это были почти исключительно государственные или помещичьи крестьяне — дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. В XIX веке носители фамилии встречаются в Казанской, Вятской, Пермской губерниях, а также среди уральских казаков.

В современном русском языке исходный глагол «шалымать» почти утрачен, но его тень сохранилась в диалектных словах «шалыган» (озорник, бездельник) и «шалыга» (плут). Таким образом, фамилия Шалымагин — это не просто родовое имя, а законсервированное свидетельство живого народного языка, где прозвище закрепляло за человеком его характерную черту — склонность к хитрости или озорству.