Фамилия Шамборкин — редкий случай, когда географическое название почти наверняка перешло в фамилию без промежуточного прозвища. Основа здесь — топоним Шамбор. В первую очередь вспоминается французский замок Шамбор (Chambord) в долине Луары, но для русского человека XVI–XVII веков эта ассоциация была невозможна. Куда вероятнее, что корень связан с местными названиями: на карте бывшей Российской империи есть несколько урочищ и хуторов с похожими именами, например, Шамбор в Гродненской губернии или Шамборовка на Украине. Такие названия часто давали переселенцы или владельцы, иронично переносившие «европейские» имена на свои владения.

Суффикс -кин указывает на притяжательную модель: «чей?» — Шамборкин, то есть сын или потомок человека по фамилии (или прозвищу) Шамборка. Формант -к- в основе (Шамбор + к + ин) — типичный уменьшительный или уничижительный суффикс в русской антропонимике. То есть Шамборка — это либо «маленький Шамбор», либо человек, получивший прозвище по месту жительства или происхождению: «Шамборский» упростилось до «Шамборка», а уже от него образовалась фамилия. В крестьянской среде такие «урезанные» варианты были обычны: вместо длинного «Шамборский» говорили коротко — Шамборка.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с личным именем или прозвищем Шамбор, которое могло возникнуть от диалектного глагола «шамбурить» (путать, сбивать с толку) или от тюркского корня, означающего «шаман», «колдун». Но здесь нет надежных лингвистических параллелей, и большинство ономастов склоняются к топонимическому происхождению. В словарях фамилия не зафиксирована в массовом порядке, что говорит о её локальном бытовании — скорее всего, в западных губерниях России или в среде выходцев из Польши и Беларуси.

Социальный состав носителей, судя по встречаемости в архивных записях XIX века, — преимущественно мещане и однодворцы. Дворянских родов Шамборкиных не известно. Фамилия осталась редкой и сегодня: по открытым данным, в России её носят не более нескольких сотен человек, сосредоточенных в основном в Центральном и Северо-Западном регионах.