Фамилия Шамкенова — женская форма фамилии Шамкенов, и её происхождение уходит корнями в тюркскую ономастику. Основа фамилии — мужское имя Шамкен, которое, скорее всего, является сложносоставным. Первая часть «шам» восходит к арабскому «шамс» — «солнце», либо к тюркскому «шам» (свеча, светильник). Вторая часть «кен» — распространённый тюркский компонент, означающий «широкий», «просторный», а в именах часто выступающий как суффикс со значением «подобный», «как», или же как самостоятельное слово «день». Таким образом, имя Шамкен можно перевести как «солнечный день» или «подобный свету».

Суффикс «-ов» (в женском варианте «-ова») указывает на русскую модель образования фамилий, характерную для народов, вошедших в состав Российской империи. В данном случае он присоединился к тюркскому имени, что типично для фамилий казахов, татар, башкир и других тюркоязычных народов, где русская административная традиция фиксировала родовые имена по отцу.

Географически фамилия Шамкенова наиболее распространена в Казахстане, особенно в южных и западных регионах, а также среди казахской диаспоры в России (в Оренбургской, Астраханской областях). Встречается она и у татар, но реже. Если судить по модели образования, предки носительницы фамилии могли быть людьми, получившими имя Шамкен при рождении, и их социальный статус не обязательно был высоким — такие фамилии часто давали просто по отцу, без привязки к сословию.

В отличие от многих русских фамилий, где суффикс «-ов» указывает на принадлежность («чей?»), здесь он выполняет скорее функцию русификации. Споров о корне почти нет: тюркское происхождение очевидно. Редкость фамилии в том, что она сохранила архаичный компонент «шам» в значении «свет», который в современных тюркских языках чаще заменяется арабизмом «шамс» или персидским «нур».