Фамилия Шамхарян — армянская по происхождению, что выдают суффикс -ян и корень «Шамхар». В армянской ономастике окончание -ян (реже -янц) означает «принадлежащий к роду» или «потомок такого-то». Поэтому Шамхарян — это «из рода Шамхара».

Основа «Шамхар» — личное имя или прозвище. Его происхождение неочевидно и вызывает споры. Самая вероятная версия: «Шамхар» — это армянская передача тюркского или персидского слова «шамшар» (меч, сабля) или «шамхор» (сокол, хищная птица). В таком случае прозвище могли дать воину, мастеру-оружейнику или человеку с острым, «режущим» характером. Менее убедительна, но встречается в любительских словарях, связь с топонимом Шамхор (город на западе Азербайджана, исторически — армянская область Шамхор). Если человек или его предки происходили оттуда, фамилия могла стать указанием на место жительства. Но для армянских фамилий на -ян более типично образование от личного имени, а не от названия города.

Анализ фамилии осложняется тем, что в армянском языке нет исконного слова «шамхар» с бытовым значением. Это почти наверняка заимствование, причём не из русского, а из восточных языков — персидского или тюркского, что отражает многовековые контакты Армении с соседними культурами. Носители фамилии Шамхарян, скорее всего, происходят из регионов исторической Армении, где такие контакты были интенсивными — например, из Сюника или Арцаха.

Социальный состав армянских фамилий на -ян очень широк: их носили и крестьяне, и ремесленники, и духовенство. Выделить из фамилии Шамхарян сословную принадлежность предков невозможно. Ясно только, что корень указывает либо на личное качество (воинственность, остроту), либо на ремесло, либо на географическое происхождение — и в любом из этих случаев фамилия не редкая для армянской традиции, но и не массовая, вроде Петросян или Арутюнян.