Фамилия Шаморгин образована от прозвища Шаморга. В ономастике это слово связывают с диалектным глаголом «шаморгать» — в рязанских, тамбовских и воронежских говорах он означает «шататься», «слоняться без дела», а также «шаркать ногами при ходьбе» или «делать что-то небрежно, кое-как». Соответственно, Шаморгой в народе могли прозвать человека медлительного, нерасторопного, ходящего вразвалку, либо, наоборот, того, кто постоянно «шатается» по чужим дворам — бродягу или бездельника. Впрочем, в некоторых местностях это слово имело и шутливый, почти ласковый оттенок: так могли называть неуклюжего, но добродушного увальня.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Шаморгин значит «сын Шаморги». Эта модель типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин образовывались от прозвищ и имён, оканчивающихся на -а, -я. Если бы основа оканчивалась на твёрдый согласный (например, Шаморг), фамилия приняла бы форму Шаморгов. Так что написание Шаморгин — не случайное искажение, а точный грамматический след говора предков.

Встречается фамилия преимущественно в регионах, где бытовал глагол «шаморгать»: в Рязанской, Тамбовской, Липецкой и Воронежской областях. В этих же краях фиксируются однокоренные фамилии — Шаморгин, Шамаргин, Шамордин, причём все они восходят к одному звукоподражательному или описательному корню. Спорных версий немного: некоторые исследователи допускают, что Шаморга могло быть и прозвищем по внешности — «шаморглый» (плохо одетый, обтрёпанный), но эта гипотеза уступает по убедительности основной, «глагольной».

Никакого отношения к фамилии Шаморгин не имеет слово «шамор» (сорт шампанского) — это позднее заимствование, не связанное с русской диалектной лексикой.