Фамилия Шаморгина — женская форма, а её основа мужская — Шаморгин. Это типичная русская фамилия с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Шаморгин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Шаморга.

Корень здесь — глагол «шаморить» или «шаморгать». В русских говорах, особенно северных и сибирских, «шаморить» означало «шарить», «рыться», «делать что-то небрежно, наспех». В вятских и пермских говорах «шаморга» — это неопрятный, растрёпанный человек или тот, кто суетится без толку. Прозвище Шаморга могли дать человеку с растрёпанными волосами, неряшливому в одежде или просто очень торопливому в делах.

Менее вероятна, но возможна связь с диалектным «шамор» — так в некоторых регионах называли мелкую рыбу (ерша или пескаря). В этом случае прозвище могло относиться к невысокому или суетливому человеку, которого сравнивали с мелкой рыбёшкой. Однако глагольная версия (от «шаморить») встречается в источниках по русской ономастике чаще и считается основной.

Фамилия Шаморгина географически привязана к северо-востоку России. По данным переписей и метрических книг XIX века, носители фамилии компактно проживали в Вятской губернии (современная Кировская область) и в Пермской губернии. Встречалась она и в Костромской губернии, но реже. Это типичная «северная» фамилия с прозвищной основой, которая не перешла в разряд дворянских и осталась в крестьянской и мещанской среде.

Словообразовательная модель проста: прозвище Шаморга + притяжательный суффикс -ин. Ударение в фамилии чаще всего падает на второй слог: Шамо́ргина, хотя в некоторых говорах могли произносить с ударением на первый.