Фамилия Шморгина — женская форма фамилии Шморгин, а та, в свою очередь, образована от прозвища или мирского имени Шморга. Основа здесь — глагол «шморгать», который в русских говорах имел два основных значения: «тереть, чесать, скрести» и «быстро ходить, шмыгать». Второе значение, скорее всего, и дало прозвище юркому, непоседливому человеку, который постоянно «шморгал» туда-сюда.

Менее вероятна, но возможна связь с диалектным словом «шморга» — так в некоторых областях называли неопрятного, замызганного человека (от «шморгать» в смысле «пачкать»). Однако в русской ономастике прозвища по характеру движения встречаются гораздо чаще, чем по неопрятности, поэтому версия с «шмыгать» выглядит предпочтительнее.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Шморгины — это буквально «дети Шморги». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от основ на -а/-я. Встречается фамилия преимущественно в центральных и северных областях России — там, где бытовал сам глагол «шморгать». В псковских и тверских говорах, например, это слово было вполне обычным.

С точки зрения социальной истории, Шморгины относились к крестьянскому или мещанскому сословию. Фамилия недворянская, а значит, её носители были людьми «из народа», получившими фамилию по уличному прозвищу предка. В документах XVII–XVIII веков можно встретить крестьян Шморгиных в переписных книгах Новгородской и Вологодской губерний.

Родственная фамилия — Шморгунов (от «шморгун» — тот, кто шмыгает). Шморгина стоит в том же ряду, что и Шмыгин, Шмырёв, но с характерным северным звучанием. Интересно, что в некоторых говорах слово «шморгать» означало ещё и «есть с хрустом, жадно», что добавляет прозвищу дополнительный оттенок — возможно, предок был не только быстрым, но и торопливым в еде.