Фамилия Шморгунова — женская форма фамилии Шморгунов. Её основа — прозвище или неканоническое имя Шморгун, а само слово восходит к глаголу «шморгать». В русских говорах, особенно юго-западных и украинских, «шморгать» означало «тереть, драть, дёргать», а также «быстро идти» или «шмыгать носом». Переносное значение — «непоседа», «юркий человек», «тот, кто постоянно суетится или ёрзает». Так могли прозвать подвижного ребёнка или работящего, но суетливого взрослого.

Словообразовательная модель здесь простая и типичная: основа Шморгун + патронимический суффикс -ов (в женском роде — -ова). То есть Шморгунов буквально значит «сын Шморгуна». Фамилия образована по той же схеме, что и тысячи других русских фамилий на -ов, но её основа редкая: в отличие от распространённых Кузнецов или Иванов, корень «шморг-» почти не встречается в других фамилиях. Ближайшие аналоги — Шморгаль, Шморгун (украинские) или Шморгунов (русская форма). Встречается фамилия преимущественно в западных областях России, на границе с Украиной и Беларусью, что подтверждает её диалектное происхождение.

Интересно, что в украинском языке «шморгати» также имеет значение «стегать, хлестать» (например, кнутом). Поэтому не исключено, что прозвище Шморгун мог получить человек, связанный с плетением кнутов или с суровым обращением. Однако более вероятна версия с «непоседой» — она проще и бытовее. Встречаются и варианты написания через «а» — Шмаргунов, что связано с аканьем (произношение «шмаргун»), но основной корень закрепился с буквой «о».

Сведений о дворянском происхождении этой фамилии нет. Скорее всего, Шморгуновы — это крестьяне или мещане, получившие фамилию по прозвищу предка. В документах XIX — начала XX века фамилия фиксируется в Курской, Орловской и Воронежской губерниях. Таким образом, Шморгунова — редкая фамилия с выразительным прозвищным корнем, которая прямо указывает на характер или манеру поведения далёкого предка.