Фамилия Шморгуненко — яркий пример украинской модели фамилии с суффиксом -енко. Этот суффикс, один из самых распространённых в украинской ономастике, означает «маленький», «сын» или «потомок» того, кто назван в корне. В данном случае основа — Шморгун. Человек по фамилии Шморгуненко — буквально «сын Шморгуна» или «потомок Шморгуна».

Корень «шморг-» в украинском языке связан с глаголом «шморгати» — дёргать, теребить, хлестать, а также с существительным «шморг» — резкое движение, рывок. Прозвище Шморгун могли дать человеку с живым, порывистым характером, который часто суетился, дёргался или быстро менял решения. В диалектах встречается и более конкретное значение: «шморгонути» — ударить, стегнуть. В таком случае Шморгун мог быть задирой или человеком, который работал с кнутом, например, погонщиком лошадей.

Географически фамилия Шморгуненко тяготеет к центральным и восточным областям Украины, где суффикс -енко особенно массовый. В России она встречается реже, чаще всего у потомков переселенцев с Украины. Сословных ограничений у этой фамилии не было: Шморгуненко мог быть как крестьянином, так и казаком или мещанином.

Стоит отметить, что в отличие от фамилий на -ов или -ин, которые фиксировали принадлежность к отцу («чей?»), модель на -енко подчёркивала именно родство по прямой мужской линии. Поэтому Шморгуненко — не просто «фамилия от прозвища», а указание на то, что родоначальник Шморгун был личностью достаточно заметной, чтобы его имя закрепилось за потомками. В современном мире эта фамилия сохраняет украинский колорит и нередко встречается среди людей, чьи предки происходят из Полтавской, Черкасской или Киевской областей.