Фамилия Шамшикенова — редкий пример, где географическая привязка перевешивает все остальные версии. Скорее всего, её основа — топоним, а не личное имя или прозвище. Разбираем по порядку.

Корень «Шамшикен» отсылает к казахскому географическому названию. В Казахстане есть несколько урочищ и небольших населённых пунктов с похожими названиями, например, Шамшикен. Суффикс «-ов» (в женском варианте «-ова») — типичный русский патронимический или посессивный формант, указывающий на принадлежность. То есть Шамшикенова — это «из рода Шамшикена» или «жительница (дочь, жена) из местности Шамшикен». Такой тип фамилий характерен для русскоязычной среды, куда попали тюркские топонимы, особенно на юге Урала, в Оренбургской области и северном Казахстане.

Мужской вариант — Шамшикенов. Суффикс «-ов» здесь не указывает напрямую на отчество от имени Шамшикен, хотя такое имя теоретически возможно. В казахском языке «шам» — свеча, «шикен» может быть искажённым «шекен» (от «шек» — граница) или диалектным вариантом. Но более надёжная версия — от названия местности, потому что в казахской ономастике фамилии, образованные от микротопонимов (названий урочищ, родников, холмов), встречаются часто, особенно у казахов, живших в смешанных с русскими регионах и получивших фамилии по месту рождения или зимовки.

Что касается сословной принадлежности: носители фамилии Шамшикеновы — это, скорее всего, потомки казахов, которые в XIX — начале XX века при получении паспортов или во время переписи получили фамилию от названия аула или зимовки. Никакого дворянства или купечества здесь не было — чисто крестьянское (скотоводческое) происхождение, обычное для тюркских фамилий с русским суффиксом.

Ещё одна деталь: написание через «е» (а не «ё») — Шамшикенова, а не Шамшикёнова — указывает на то, что в основе не было звука [о] после шипящего. В казахском языке в этом слове, скорее всего, стоит «е» или «э», что подтверждает версию о топониме, а не о личном имени (личные имена с таким корнем редки).

Коротко: ваши предки жили в месте, которое называлось Шамшикен, и при оформлении документов их записали как «из Шамшикена» — Шамшикеновы.