Фамилия Шамшондинов — редкая и сложносоставная. Её основа, скорее всего, восходит к личному имени или прозвищу Шамшондин. В свою очередь, это имя можно разложить на две части: «Шамшон» и персидско-тюркский компонент «-дин», что означает «вера» или «религия» (от арабского дин). Таким образом, первая часть может быть вариантом имени Шамс (в переводе с арабского «солнце») или Шамшер («меч»). Если исходить из «солнца», то Шамшондин — «солнце веры», типичное для мусульманского мира теофорное имя, образованное по модели Нуртдин («свет веры») или Сафиуллин («чистота Аллаха»). Если же корень «шамшер», то значение смещается в сторону «меч веры» — почётное прозвище для воина или религиозного деятеля.

Суффикс «-ов» в конце указывает на русскую модель образования фамилий от отчества. Шамшондинов буквально означает «сын Шамшондина». Это говорит о том, что предок носителя фамилии, вероятно, был человеком, принявшим православие или жившим в русскоязычной среде, но сохранившим в роду имя с исламскими корнями. Фамилия могла оформиться в среде крещёных татар, башкир или представителей других тюркских народов Поволжья и Приуралья, где такие антропонимы были распространены.

В отличие от фамилий на «-ин», которые часто указывают на принадлежность матери (если основа женского рода), «-ов» твёрдо закрепляет связь с отцом. Это типичная для XIX века фамилия, которая могла возникнуть при переписи населения, когда крестьянам или мещанам давали фамилию по имени отца или деда. Географически Шамшондиновых следует искать в регионах с татаро-башкирским населением: Татарстан, Башкортостан, Оренбургская область. Встречаемость фамилии крайне низкая, что делает её уникальным маркером конкретного рода, а не массового явления.