Фамилия Шамшонков — редкий пример того, как русская модель словообразования наслоилась на иноязычную основу. Если отбросить типичный русский суффикс -ов, остаётся корень «Шамшонк-», который сразу выдаёт нерусское происхождение. Перед нами фамилия, образованная от прозвища или имени Шамшонка.

Самая вероятная версия связывает основу с тюркским или арабским именем Шамшон, которое восходит к арабскому «шамс» — солнце. В тюркских языках это имя могло звучать как Шамшан или Шамшон. Уменьшительно-ласкательная форма Шамшонка (с суффиксом -к-) и стала прозвищем, а затем и фамилией. В русской среде такое прозвище мог получить человек, вышедший из татарской или другой тюркской среды, либо имевший тёмные, смуглые черты, которые ассоциировались с «солнечным» цветом.

Менее распространённая гипотеза — связь с еврейским именем Шамшон (Самсон), библейским героем. В диаспорах Восточной Европы это имя давали мальчикам, и в сочетании с русским суффиксом -ов оно могло дать фамилию Шамшонов, а затем, через диалектное произношение или описку, превратиться в Шамшонков. Однако форма на -ков (а не -ов) встречается реже и указывает на то, что основа уже содержала конечное «к» (Шамшонка), что типично для уменьшительных форм.

Географически фамилия Шамшонков тяготеет к центральным и южным регионам России, где исторически было сильное тюркское влияние. Встречается она крайне редко, что говорит о локальном происхождении — возможно, от одного конкретного рода, записанного в какой-нибудь писцовой книге XVIII века. Суффикс -ов указывает на то, что фамилия оформилась в среде крестьян или мещан, а не дворян, которые чаще носили фамилии на -ский.

Таким образом, Шамшонков — это фамилия-загадка, где за русским окончанием скрывается восточное имя с солнечным значением. Носитель такой фамилии почти наверняка имеет предка, которого в деревне звали Шамшонкой, и это прозвище закрепилось за всем родом.