Фамилия Шамухина — женская форма мужской фамилии Шамухин. Её основа, скорее всего, восходит к прозвищу или нецерковному имени Шамуха. Такие имена в русской традиции нередко давали по внешним или поведенческим признакам. Слово «шамуха» в северных и сибирских говорах имело несколько значений: так называли неопрятного, растрёпанного человека, а также того, кто постоянно возится, копается, делает что-то медленно и неловко. В некоторых диалектах «шамуха» — это ещё и плут, хитрец, проныра.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность. Шамухин — «сын Шамухи», то есть потомок человека с таким прозвищем. Фамилия относительно редкая, и её география довольно узкая. Основные очаги бытования — Поволжье, особенно Нижегородская область, и Зауралье. Встречается она и у русских, и у представителей других народов региона, например, у татар или чувашей, что может указывать на давние контакты и взаимное усвоение прозвищ.

Интересно, что у фамилии Шамухин есть «двойники» с похожим звучанием, но другим корнем. Например, Шамохин — от имени или прозвища Шамоха (возможно, от тюркского «шам» — свеча, факел), и Шамахин — от названия города Шемаха. Но фамилия Шамухина, судя по говорам, явно русского, а не восточного происхождения. Исходное прозвище Шамуха было, скорее всего, бытовым и даже несколько ироничным — так в деревне могли окликнуть нерасторопного или, наоборот, чересчур хитрого соседа.