Фамилия Шамунов — редкий случай, когда в основе лежит не славянское имя или прозвище, а восточное, скорее всего тюркское, слово. Разбирать её логичнее всего с корня, а не с суффикса, потому что суффикс -ов здесь стандартный, патронимический, указывающий на принадлежность («чей?» — Шамунов, то есть сын Шамуна). Главная загадка — что такое «Шамун».

Самая прямая версия: Шамун — это адаптированная на русской почве форма арабского имени Шамсуддин (или Шамсун), где «шамс» означает «солнце». В тюркских языках, особенно у татар и башкир, это имя часто редуцировалось до Шаммун или Шамун. Таким образом, предок носителя фамилии мог быть человеком, которого нарекли «Солнцем веры» или просто «солнечным». Фамилия могла возникнуть в среде крещёных татар или в русско-татарском пограничье, где инородные имена переоформлялись по русской модели.

Есть и менее очевидная, но возможная версия — от прозвища, связанного с тюркским глаголом «шамун» (или близким к нему), означающим «нюхать», «обонять». В этом случае Шамуном могли прозвать человека с чутким носом, охотника или того, кто работал с пахучими травами и снадобьями. Однако эта версия слабее: глагольные прозвища в основе фамилий встречаются реже, чем имена.

Географически фамилия Шамунов тяготеет к Поволжью, Предуралью и южным регионам России — там, где исторически был силён тюркский субстрат. Встречается она нечасто, но не является единичной. В дореволюционных документах можно найти Шамуновых среди крестьян и мещан, что говорит о её демократическом происхождении: фамилия не дворянская, не купеческая, а скорее народная, закрепившаяся за обычными семьями.

Словообразовательная модель проста: корень Шамун- плюс типичный русский суффикс принадлежности -ов. Фамилия не склоняется по женскому роду особым образом (Шамунова — жена или дочь). Если сравнивать с однокоренными, то в той же группе стоят фамилии Шамсутдинов, Шамшаев, Шамов — все они восходят к именам с корнем «шамс», но Шамунов стоит особняком из-за усечённой, «обрусевшей» формы.