Фамилия Шамушин — одна из тех, где на первый взгляд ясная основа при ближайшем рассмотрении открывает несколько путей. В её основе лежит личное имя или прозвище Шамуш (или Шамуша), а суффикс -ин указывает на принадлежность: буквально «чей?» — «Шамушин», то есть сын или потомок человека по имени Шамуш. В русских фамилиях суффикс -ин обычно присоединяется к основам на -а/-я, что даёт нам форму Шамуша — скорее всего, уменьшительно-ласкательный вариант какого-то полного имени.

Самая вероятная версия ведёт к тюркским корням. В татарском, башкирском и других тюркских языках слово «шамуш» или «шамуш» может означать «светоч», «сияющий» или быть производным от арабского «шамс» — солнце. В этом случае Шамуша — ласковое прозвище для светлого, видного человека. Вторая, менее распространённая гипотеза связывает фамилию с еврейским именем Шамуш (вариант Шимшона, библейского Самсона). Однако для русской фамильной модели это редкость: еврейские фамилии на -ин в России чаще образовывались от матронимов (по матери), а здесь основа мужская.

Географически фамилия Шамушин встречается в основном в Поволжье и на Урале — в регионах с давним татарским и башкирским населением, где тюркские имена свободно входили в русскую ономастику. Например, в Оренбургской области и Башкортостане фамилия фиксируется с XIX века. Это указывает на то, что предки носителя фамилии, скорее всего, были крещёными татарами или башкирами, либо русскими, жившими в смешанной среде и перенявшими тюркское прозвище.

Словообразовательный момент: суффикс -ин здесь не случаен. В отличие от фамилий на -ов (которые чаще образуются от основ на согласный), -ин чётко маркирует исходное прозвище на -а. Если бы основа была Шамуш (без окончания), фамилия звучала бы как Шамушов. Но Шамушин — более редкий, «акающий» вариант, что дополнительно подтверждает разговорное, бытовое происхождение прозвища.

Таким образом, предок Шамушин был человеком, которого в деревне звали Шамушей — скорее всего, за яркую внешность или весёлый нрав, и это прозвище закрепилось за его детьми как фамилия.