Фамилия Шанабекова — женская форма фамилии Шанабеков. В основе лежит тюркское составное имя Шанабек. Первая часть, «шана», восходит к древнетюркскому слову со значением «слава», «известность», «почёт» (иногда встречается вариант «чана»). Вторая часть — «бек», распространённый титул знати у тюркских народов, означающий «господин», «князь», «вождь». Таким образом, имя Шанабек можно перевести как «прославленный господин» или «знатный человек, пользующийся уважением».

Фамилия образована по типичной для тюркских языков модели: к имени отца (или предка) прибавлялся суффикс -ов/-ев (в русской передаче), который указывал на принадлежность роду. Шанабековы — потомки человека по имени Шанабек. Судя по структуре, фамилия могла возникнуть на стыке русской и казахской или киргизской традиций оформления фамилий, где к тюркской основе добавили русский патронимический суффикс. Это характерно для народов Средней Азии и Казахстана, которые в XIX—XX веках входили в состав Российской империи.

С географической точки зрения фамилия Шанабекова встречается прежде всего в Казахстане, особенно в южных и западных областях, а также среди казахов, проживающих в России (Астраханская, Оренбургская области). Встречаются носители фамилии и в Киргизии. Распространение довольно локальное, что говорит о происхождении от одного родового корня, а не о массовом возникновении в разных местах.

Социальный статус предков-носителей имени Шанабек, скорее всего, был не самым низким. Имя с компонентом «бек» обычно давали в среде родовой аристократии или зажиточных скотоводов. Однако с течением времени, особенно после советского периода, фамилия утратила сословную окраску и стала просто родовым именем.

В написании фамилии возможны варианты: Шанабеков/Шанабекова. Ударение в русском языке обычно падает на третий слог: Шанабéкова. В тюркском оригинале ударение может смещаться на последний слог. Сравнивать фамилию стоит с однокоренными: Шанаев, Шаналиев, а также с другими фамилиями на -беков (Абеков, Кулбеков, Ербеков) — все они указывают на знатное происхождение предка.