Фамилия Шаночкина — женская форма от мужской Шаночкин. Её основа, судя по всему, восходит к древнерусскому нецерковному имени или прозвищу Шанок. Это уменьшительная форма от имени Шаня, которое, в свою очередь, является производным от канонического имени Александр (через народные формы Саша, Шура, Шаня). В русской ономастике такой путь сокращения имён обычен: Александр → Саша → Шаня → Шанок. Суффикс -ок в прозвище указывает на молодость или малый рост носителя: Шанок — «маленький Шаня» или «сын Шани».

Словообразовательная модель проста: к основе Шаночк- (где -очк- результат чередования к/ч при добавлении суффикса субъективной оценки) присоединён патронимический суффикс -ин, указывающий на принадлежность. Буквально Шаночкин — «чей?» — сын или потомок Шаночка. Женская форма Шаночкина, таким образом, означает «дочь или жена Шаночкина». Фамилия закрепилась в среде, где отчества на -ин были типичны для крестьян и посадских людей в XVI–XVII веках.

В географическом плане фамилия редкая, встречается очагово в центральных и северных областях России. В переписных книгах XVII века следов фамилии не обнаружено — вероятно, она оформилась позже, в XVIII–XIX веках, в среде однодворцев или государственных крестьян. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Шанóчкина, что соответствует типичной русской модели для фамилий на -ин.