Фамилия Шапарханов — редкая и морфологически прозрачная, но с неочевидной основой. Она построена по типичной для тюркских фамилий модели: корень плюс суффикс принадлежности -ан и русский патронимический суффикс -ов. Иными словами, в основе лежит имя или прозвище Шапархан, где -ан — уменьшительный или ласкательный аффикс, а -ов указывает на «сына» или «потомка» этого человека.

Ключевой вопрос — что означает первая часть, Шапар-. Здесь возможны две основные версии, и обе имеют под собой лингвистическую почву. Первая: от тюркского глагола «шап-» или «шапур-» — «бить, хлопать, рубить». В таком случае Шапархан могло быть прозвищем бойкого, резкого человека или, в профессиональном смысле, мясника (того, кто рубит мясо). В казахском и башкирском языках есть близкие слова: «шабар» — гонец, скороход (от «шабу» — бежать, скакать), что тоже могло лечь в основу прозвища быстрого или посыльного человека.

Вторая версия — антропонимическая. Шапар — это вариант арабского имени Шафи (шафи‘ — «заступник, целитель»), прошедший через тюркскую фонетику, где «ф» часто переходит в «п». Удлинение имени суффиксом -хан («владыка, правитель») давало форму Шапархан — «хан-заступник». Такие составные имена (где вторая часть «-хан», «-бек», «-гали») типичны для татарской и башкирской ономастики. Вторая версия кажется более правдоподобной для фамилии, так как прозвищная основа «шабар» чаще встречается в фамилиях без суффикса -хан (например, Шабаров, Шапаров).

Географически фамилия Шапарханов тяготеет к регионам расселения башкир и татар: Башкортостан, Татарстан, Оренбургская и Челябинская области. Встречается она и у казахов, но реже. Сословно носители такой фамилии, скорее всего, относились к тептярям или государственным крестьянам, а не к дворянству — в ревизских сказках XIX века подобные фамилии фиксировались именно в этих группах. Стоит отметить, что написание через «а» во втором слоге (Шапарханов, а не Шопарханов) указывает на южный или восточный говор башкирского языка, где оканье нехарактерно.