Фамилия Шапигузова — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано с физической особенностью или манерой поведения. В её центре — тюркское слово «шапы» (или «шапый»), которое в ряде тюркских языков (татарском, башкирском, казахском) означает «быстрый», «проворный», «шустрый», а иногда и «косой» (о глазах). Вторая часть, «гуз», восходит к тюркскому «күз» или «гөз» — «глаз». Таким образом, Шапигуз — это «быстрый глаз» или «косоглазый». Скорее всего, прозвище дали либо очень зоркому и внимательному человеку, либо тому, кто косил глазами.

Суффикс «-ов» в окончании указывает на русский способ оформления фамилии: «чей?» — Шапигузов, то есть потомок Шапигуза. Женская форма Шапигузова — это вариант жены или дочери носителя фамилии. Сама фамилия относится к пласту тюрко-татарских фамилий, которые проникли в русскую ономастику через служилых татар, касимовских мурз или башкирские роды. Географически фамилия встречается в основном в Поволжье и на Урале, особенно в Башкортостане и Татарстане, что подтверждает её региональные корни.

Встречается и альтернативная версия, связывающая основу с арабским именем Шапи (Шафи) — «исцеляющий», «заступник», но она менее убедительна: присоединение тюркского «гуз» к арабскому имени дало бы странную гибридную конструкцию. Более правдоподобно, что «шапый» и «гуз» сложились в единое прозвище именно в тюркской среде, где такие описательные имена были обычным делом.

В дореволюционной России носители фамилии Шапигузовы, скорее всего, относились к государственным крестьянам или тептярям (сословие в Башкирии, сочетавшее земледелие и скотоводство). Фамилия не дворянская и не купеческая — она из народной толщи, где прозвище закреплялось за родом без особых церемоний. В современных базах данных фамилия остаётся малочисленной, что делает её хорошим маркёром для генеалогического поиска: если вы Шапигузова, ваши предки почти наверняка жили на стыке русской и тюркской культур, вероятно, в юго-восточных районах Татарстана или в Башкортостане.