Фамилия Шипигузов — редкий пример, когда прозвище, лёгшее в основу, сохранилось почти без изменений, а вот его значение вызывает споры. Словообразовательная модель проста: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»), то есть «сын Шипигуза». Внимание привлекает сам корень — Шипигуз, которого нет ни в одном из распространённых словарей русских прозвищ.

Самая вероятная версия связывает фамилию с тюркскими языками. Вторая часть «гуз» восходит к тюркскому «гуз» — «глаз», а первая «шипи» может быть искажением от «шиш» (шишка, нарост) или «чип» (прыщ, язва). Таким образом, прозвище Шипигуз могло означать человека с больным, гноящимся глазом — «шишка на глазу» или «прыщавый глаз». В русских говорах такое прозвище могли дать косоглазому или подслеповатому человеку, но тюркский след здесь выглядит более прямым.

Менее убедительна версия, что «шипи» — это диалектный вариант слова «шип» (как у растения или колючка), а «гуз» — искажённое «гузно» (зад, задняя часть). Тогда прозвище носило бы грубый характер, указывая на какую-то особенность фигуры или походки. Однако это объяснение натянутое: сочетание «шип» и «гузно» нехарактерно для русской антропонимии, а двойное искажение звуков маловероятно.

Географически фамилия тяготеет к югу России и Поволжью — регионам, где веками шло смешение славянского и тюркского населения. Это косвенно подтверждает первую версию. Встречается фамилия редко, в основном в Ростовской, Волгоградской областях и Ставропольском крае.

Сословная принадлежность предков Шипигузовых не зафиксирована в дворянских родословных книгах. Скорее всего, это крестьянская или казачья фамилия, возникшая в среде, где прозвища давали по внешним приметам. Никаких известных исторических деятелей с такой фамилией нет, что для редкой фамилии с неочевидной этимологией — обычное дело.