Фамилия Шипико — редкий пример украинской модели фамилии на -ко, которая закрепилась в белорусской и южнорусской среде. Суффикс -ко в украинской ономастике выполнял две функции: указывал на происхождение от отца или прозвища и придавал уменьшительно-ласкательный оттенок. В основе фамилии лежит прозвище Шип, которое могло возникнуть от нескольких корней.

Самая вероятная версия — прозвище по внешности или характеру. Шипом в народе называли колючего, язвительного человека, того, кто «жалит словом». В южных говорах «шип» также означало шиповник, так что прозвище могло относиться к человеку с румянцем или к тому, кто жил у зарослей кустарника. Менее распространённая гипотеза связывает основу с глаголом «шипеть» — так могли дразнить ворчливого или злого человека.

Фамилия Шипико встречается преимущественно в западных и центральных областях Украины, а также в приграничных районах Беларуси. В России она редка, чаще фиксируется у потомков переселенцев с Украины. Аналогичное образование — Шипенко, Шипко — подтверждает продуктивность этой модели в XIX веке, когда фамилии активно оформлялись в крестьянской среде.

С точки зрения словообразования, Шипико — это патроним от прозвища Шип с суффиксом -ик-, который в украинском языке часто превращается в -ико под влиянием местных говоров. В документах XIX века можно встретить вариант Шипиков — так фамилию русифицировали при переписи. Но исходная форма Шипико сохранила свой уменьшительный оттенок: буквально «маленький Шип» или «сын Шипа».