Фамилия Шипигина — женская форма фамилии Шипигин, и её разбор стоит начать с мужского варианта, так как именно он хранит ключ к происхождению. Шипигин — фамилия, образованная по самой распространённой в русском языке модели: от прозвища или имени, оканчивающегося на -а, с помощью притяжательного суффикса -ин. Исходная форма — Шипига.

Слово «шипига» в русских говорах неоднозначно. В диалектах Архангельской и Вологодской областей шипигой называли колючку, шип, а также мелкую колючую рыбу (ёрш или бычок). Прозвище Шипига могли дать человеку колкому на язык, сварливому или, наоборот, внешне похожему на колючку — худому, острому. Есть и другая версия, связанная с ремеслом: в некоторых регионах «шипигой» называли инструмент сапожника или бондаря — шило или острый крючок для прошивки. Тогда предок Шипигин мог быть сапожником, кожевником или бочаром.

Менее вероятна, но возможна связь с гидронимом. В бассейне Северной Двины встречается речка Шипига (приток Сухоны). Если фамилия закрепилась в тех краях, она могла указывать на выходца с берегов этой реки. Однако прозвищное происхождение от «колючего» человека или мастера-шильника выглядит убедительнее: такие прозвища давали чаще, чем именовали по малым рекам.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Шипигин — буквально «сын Шипиги». Фамилия недворянская, типичная для крестьянского и мещанского сословия Русского Севера и Вятки. Встречается она в основном в Архангельской, Вологодской и Кировской областях, что подтверждает северное происхождение основы. Женская форма Шипигина, как и все фамилии на -ина, склоняется по образцу прилагательного женского рода, но исторически это та же «дочь или жена Шипигина».