Фамилия Шапкиева — женская форма, а её исходный мужской вариант — Шапкиев. В основе фамилии лежит тюркское прозвище или имя Шапкий, где «шап» означает «славный, хвалебный» или «быстрый, проворный» (от тюркского корня «шап/чап»). Встречается также версия, что корень восходит к персидскому «шах» (царь, правитель), но в русском бытовании фамилия явно прошла через тюркскую языковую среду.

Фамилия образована по русской патронимической модели: к основе Шапкий прибавили суффикс -ев (вариант -ов после мягкого согласного). Такая модель типична для фамилий, которые складывались у народов Кавказа, Поволжья и Средней Азии в XIX–XX веках, когда русская администрация фиксировала местные имена и прозвища в документах, добавляя стандартный русский суффикс принадлежности («чей?» — Шапкиев, то есть сын Шапкия).

Географически фамилия Шапкиева чаще всего встречается в Дагестане и Чечне, реже — среди татар и башкир. В этих регионах имя Шапкий могло быть как личным именем, так и прозвищем, данным за характер или внешность. В некоторых кумыкских и чеченских говорах «шапкий» могло означать «ловкий» или «удалой» — тогда прозвище закреплялось за человеком, который отличался сноровкой в бою или в работе.

Мужской вариант Шапкиев фиксируется в списках фамилий терских казаков и горских народов, где суффикс -ев указывает на обрусение фамилии в ходе интеграции местного населения в состав Российской империи. В отличие от чисто русских фамилий на -ов/-ев, которые часто происходят от крестильных имён, Шапкиев — пример того, как тюркское прозвище стало фамилией через канцелярскую запись, без промежуточного отчества.

Встречается также редкий вариант написания с «о» — Шапкоев, но он характерен для осетинской среды, где суффикс -оев передаёт осетинскую фамильную модель. Для фамилии Шапкиева типично именно окончание -ев, что подчёркивает её связь с тюркскими языками и русским документооборотом XIX века.